Cańizares nació en Utiel (Valencia), el 15 de octubre de 1945 y fue ordenado sacerdote en 1970, en Sinarcas (Valencia), por el arzobispo José María García de la Higuera. En 1992, fue nombrado obispo de Ávila y en 1997 ocupó el Arzobispado de Granada. El 24 de octubre de 2002 es nombrado arzobispo de Toledo por el Papa Juan Pablo II y toma posesión de la sede toledana el 15 de Diciembre de 2002.

Fue nombrado cardenal, con el título de San Pancracio, por el Papa Benedicto XVI, en el Consistorio Ordinario Público del 25 de marzo de 2006 y es miembro de la Congregación para la Doctrina de la Fe y de la Comisión Pontificia Ecclesia Dei.

En la Conferencia Episcopal Espańola ha desempeńado numerosos cargos, entre ellos, el de vicepresidente. Actualmente, es miembro de la Comisión Permanente, del Comité Ejecutivo y del Consejo de Presidencia.

La Congregación de Culto Divino y Disciplina de los Sacramentos, creada en 1908 y nombrada así por Juan Pablo II en 1988, se encarga de todo lo relacionado con la liturgia y los sacramentos. El actual prefecto de este dicasterio es el cardenal nigeriano Francis Arinze.